Gran parte de la historia de Hollow Knight no se le cuenta al jugador directamente y, en cambio, se insinúa en los entornos, las interacciones de los personajes y los secretos que debe descubrir jugando. Gran parte de los detalles también se dejan vagos para reflejar y acentuar el estado de Hallownest como un gran reino abandonado. El siguiente es un resumen de los eventos que se explican a través de las piezas clave de información encontradas a lo largo del videojuego.
Inicialmente, el protagonista (o Caballero) llega a la ciudad de Dirtmouth (Bocasucia en español), una pequeña ciudad situada sobre las ruinas de Hallownest, con la intención de aventurarse para descubrir lo que le espera allí. A medida que avanza por el reino olvidado, se encuentra con los restos reanimados de los antiguos residentes de Hallownest y otras criaturas, siendo transformados lentamente por una misteriosa fuerza. En su camino, el Caballero también se topa con Hornet, la autoproclamada protectora de las ruinas de Hallownest, quien intenta detener la búsqueda del jugador. Posteriormente, el Caballero hace contacto con seres extraños y místicos llamados Soñadores, quienes le imploran que deshaga los sellos, realizados para algún propósito desconocido, y obteniendo el Aguijón Onírico, arma especial capaz de cortar el velo entre la realidad y los sueños, permitiendo al caballero acceder a las mentes y sueños de los insectos con los que se encuentra. A medida que el jugador continúa su búsqueda, se revela la historia de fondo de Hallownest y del protagonista en sí.
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